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［相談］

会計事務所に勤務する者です。
会社が電子帳簿保存制度を導入したにも関わらず、電子帳簿保存法に則った適切な電磁的記録の備付け等を行わなかった場合、どのような税務リスクがあるのでしょうか。教えてください。

［回答］

ご相談のような場合には、青色申告の承認取消しリスクがあります。

［解説］

1.青色申告の承認の取消し規定の概要

法人税法上、青色申告の承認を受けている内国法人は、帳簿書類を備え付けてこれにその取引を記録し、かつ、その帳簿書類を保存しなければならないと定められています。

また、青色申告の承認を受けた内国法人につき、その事業年度に係る帳簿書類の備付け、記録又は保存が行われていないこと等の事実がある場合には、納税地の所轄税務署長は、その事業年度まで遡って、その承認を取り消すことができるとも定められています。

2.電子帳簿保存を適切に行っていない場合の影響

現行の電子帳簿保存法では、所轄税務署長等は、電磁的記録に係る承認済国税関係帳簿書類の全部又は一部につき、その電磁的記録の備付け又は保存が行われていないこと等の事実があるときは、その該当する事実がある電磁的記録に係る承認済国税関係帳簿書類について、その承認を取り消すことができると定められています。

その取消しが行われると、読み替え規定により、納税地の所轄税務署長は青色申告の承認の取消しを行うことができる（※）ことになります（なお、改正電子帳簿保存法（令和4年1月1日施行）においても、同様の読み替え規定が設けられています）。

このため、電子帳簿保存制度を導入する場合には、法令上の要件を正しく理解した上で、適切に電磁的記録の備付けや保存等を行うことが必須となります。

1. ※この取消しについては、電磁的記録に代わる紙等による備付け又は保存等の有無とその程度、電磁的記録の今後の出力と保存の方法、真に青色申告書を提出するにふさわしいと認められるかどうか等を検討した上、判断することとされています。

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